Den gymnasiala delen av skolan startades av biskopen Johannes Rudbeckius 1623 och var Sveriges första gymnasium.
Gymnasiet som Rudbeckius startade hade inspiration från Tyskland där eleverna, som kallades djäknar, undervisades i teologi, fysik, matematik, grekiska, latin, logik, politik och hebreiska. Skolans främsta uppgift var prästutbildning.
Bara en av de ursprungliga tre byggnaderna finns kvar idag. Den nya huvudbyggnaden från 1855 är idag Sveriges äldsta fungerande gymnasiebyggnad.