Slottet byggdes ursprungligen som en biskopsgård åt Biskop Gisle i början av 1100-talet. Efter en varierad historisk användning, såsom kungligt renässansslott och fängelse, (här satt bl. a de till döden dömda rådsherrarna i avvaktan på avrättning 1600) blev slottet under slutet av 1700- talet landshövdingens residens.

Än i dag bor landshövdingen här, för närvarande en kvinna vid namn Elisabeth Nilsson, som tillträdde sin tjänst 2010. År 2000 invigdes Linköpings Slotts- och Domkyrkomuseum i Norra flygeln